创新基金作为以科技型中小企业为政策着力点的财政专项资金，肩负着支持科技型中小企业技术创新活动、企业技术创新能力和培育科技型中小企业成长的重要使命。
创新基金年度支持重点
创新基金坚持以市场为导向、支持创新、鼓励创业、重点突出、竞争择优的原则，重点支持科技型中小企业是小微企业技术创新。2013年创新基金支持的重点是创新性强、技术含量高、市场前景好、具有自主知识产权的项目；围绕战略性新兴产业，具有资源消耗低、带动作用大、就业机会多、综合效益好的关键技术、关键创新产品项目；围绕重点振兴产业，为技术改造、产业升级、产业发展质量和效益提供技术支持和配套服务的创新项目；以创业促就业，是毕业大学生、研究生（包括海外留学生）在大学科技园、创业中心等创业服务机构内的创新项目；为科技型中小企业创新活动服务的公共技术服务平台项目；创业投资引导基金风险补助、投资保障、阶段参股试点项目；具有技术含量，在市场上有较强竞争力，以产品出口为导向的项目；重大科技专项相关成果的市场转化项目；符合区域经济协调发展的要求，结合西部欠发达地区产业发展特点和资源优势，适合于西部欠发达地区的创新项目；本年度新增新能源汽车和现代农业科技类项目。
科技部2013年科技型中小企业技术创新基金项目2013年优先支持技术现代农业领域
农业是国民经济的基础。结合我国国情和重大需求，按照在工业化和城镇化进程中同步推进农业现代化的要求，加快转化一批具有良好应用前景的农业高新技术和技术农业成果，大力推进农业科技创新创业和产业链的形成与延伸，支撑现代农业和相关产业健康发展，科技要素加速向农业和农村集聚，增强科技对农业农村发展的支撑能力。
（一）良种培育
针对现代农业与社会发展的需求，开发和利用现代生物育种和繁育技术，培育和转化农业生物高产、、抗逆、新品种以及特色、新品种，培育创新型企业，加快生物育种产业发展。
（1）良种培育新方法、新技术；
（2）生物技术育种；
（3）农作物、林木、园艺植物品种培育与繁育；
（4）畜禽水产品种培育与繁育；
（5）农业生物特色、新品种培育。
（二）新型农业投入品
1. 新型药物
针对种植、养殖业生产中生物灾害，研发和转化生物药物。针对农林牧渔主要病虫草害和传统化学农药性问题，研发和转化新型绿色农药，重点支持新型低毒农药新产品、新工艺和应用等，保障农业生产和农产品。
(1)新疫苗；
(2)新型低残留兽药；
(3)生物农药与生物防治技术及产品；
(4)低毒农药新产品；
(5)植物生长调节剂等。
2. 新型肥料和土壤调理剂
针对农业生产中地力下降、肥效不高、面源污染、旱区土壤盐渍化等问题、通过研制和转化新型肥料、土壤调理剂，肥料利用率，改良并土壤肥力，耕地保育。
（1）新型、低成本的缓释控释肥料；
（2）微生物肥料；
（3）低成本保水剂；
（4）改良旱区退化土壤的土壤调理剂等。
3. 新型饲料与添加剂
针对保持动物生产性能又无隐患的新型饲料，是添加剂为饲料产业发展的紧迫要求，通过研发和转化饲料与添加剂新技术、新产品，满足现代畜禽、水产业生产需求，动物生产的效率和效益。
（1）新型生物饲料关键技术与产品；
（2）的饲料添加剂；
（3）饲料及饲料添加剂质量检测评价技术及产品。
（三）农业装备
1. 种植业机械
针对主要农作物生产问题，创新研发和转化新型农业机械关键技术和装备，培育中小型科技创新企业，构建技术和作业机械的社会化协作配套体系，加快技术应用，农业生产机械化、轻简化。
（1）主要农作物制种机械研制；
（2）水稻、小麦、玉米、马铃薯、棉花等农作物新型作业部件研发和产业化；
（3）小型、轻简化农田作业新型机具创制；旱作农业节水技术与装备产业化；
（4）牧草和林果收获技术与装备研制；新型植保器械产业化；
（5）农业机械信息传感、自动与智能化技术产业化等。
2. 畜牧水产装备
针对主要集约化畜牧、水产生产问题，研发和转化创新技术和新型装备，增加养殖的精准化、机械化，生产效率和品质。
（1）新型畜禽规模化健康养殖设施与装备；
（2）水产规模化健康养殖设施与装备等。
3. 设施农业装备
结合设施农业、畜牧业发展需要，研发、转化和集成设施装备，设施农业和养殖效率与效益。
（1）现代设施农业成套装备；
（2）植物工厂设施与装备等。
4. 农产品加工技术与装备
围绕延长农业产业链、增值链，创新农产品加工技术，研发和转化与集成农产品加工设备，现代农产品加工业发展。
（1）粮油、果蔬等大宗农产品产地处理、贮运、加工与检测技术装备；
（2）特色农产品产地处理、贮运、加工与检测技术装备；
（3）畜禽、水产贮运、加工与检测技术装备等。